W dniu 1 września 1939r. wybuchła II wojna światowa. Ojciec Dzierżek z dwoma kolegami jeszcze z nowicjatu kaliskiego: Stanisławem Kiałką i Józefem Wieteską, postanowili natychmiast stanąć do walki w obronie ojczyzny. Przebrali się w harcerstwie w mundury i dzięki poparciu o. Kazimierza Kucharskiego, który znał pewnego pułkownika i pośrednika w rozmowie z nim, otrzymali przydział do 361 kompanii sanitarnej. Wyruszył z Wilna na wojnę 6 września około godziny 23. W Sokółce, między Grodem a Białymstokiem, otrzymał chrzest bojowy. Następnie jego droga wiodła poprzez Kowel, Łuck, Kamionkę Strumiłową, Złoczów, Brody, aż 17 września znalazł się w Nowosiółkach. Dwa dni później dotarł do Lwowa i zakwaterował się w ogrodzie oo. Karmelitów trzewiczkowych. Tam przeżył kapitulację miasta i 23 września rozpoczął powrót do Wilna- po trzech dniach dotarł do Łucka, następnie przez Kiwerce, Równe, Baranowicze i Łuniec wrócił 30 września do domu zakonnego w Wilnie. W początkach października o. Kucharski wciągnął go do pracy podziemnej. Polegała ona na wypisywaniu fikcyjnych danych osoby na oryginalnych blankietach, które o. Kucharski załatwiał w likwidujących się polskich instytucji. Działania te były prowadzone w domu oo. Jezuitów w Wilnie przy ul. Wielkiej 58. W budynku tym powstała też tzw. Komórka legalizacyjna, która zajmowała się wystawianiem podrobionych dokumentów internowanym na Litwie polskim oficerom. Dzięki temu mogli oni dotrzeć przez Szwecję do Anglii i Francji, gdzie tworzono zalążki nowego wojska polskiego. We wspominanej komórce o. Dzierżek pracował jako fotograf. Oprócz tego prowadził skrzynkę kontaktową, tj. przyjmował zamówienia i przekazywał klientom gotowe dokumenty. Działalność komórki legalizowanej trwała do końca II wojny światowej, w sumie przygotowała ona około 85tys. Dokumentów.

            Życie o. Dzierżka w tym czasie oprócz pracy w podziemiu skupiało się również na nauce. W 1940r. zaczął brać udział w prowadzonym tajnie Studium Teologii na Wydziale Zakonnym. Zajęcia odbywały się w klasztorze oo. Jezuitów. Uczestniczył w nich do momentu aresztowania tj. do 26 marca 1942r. Wówczas Gestapo niemieckie i litewskie dokonało aresztowań a Kolegium Wileńskim. Odbyło się to w ramach szerszej akcji, prowadzonej przeciw wszystkim zakonom męskim i żeńskim na terenie Wilna, które były ostoją polskości i patriotyzmu. Ojciec Dzierżek został aresztowany przed budynkiem klasztoru, w związku z czym nie udało mu się zniszczyć podrobionych dokumentów, które miał w swoim pokoju, w biurku. Przewieziony został do więzienia na Łukiszkach w Wilnie, w przekonaniu że zaraz zacznie się śledztwo. Oczekiwał na ten moment obmyślając jak zeznawać, aby nikomu nie zaszkodzić. Czekał na ten moment dniami, tygodniami i miesiącami, aż zrozumiał, że Bóg się uparł, żeby zrobić z niego księdza, bo wtedy był klerykiem. Z więzienia na Łukiszkach został przewieziony 30 października 1942r. do obozu do Poniewieżka, oddalonego o 30 km od Kowna. Przebywał tam do momentu wkroczenia wojsk radzieckich w lipcu 1944r., w klasztorze oo. Jezuitów w Wilnie znalazł się z powrotem 5 sierpnia. Postawa o. Dzierżka wobec ojczyzny została doceniona przez władze wojskowe Polski Podziemnej 11 listopada 1943r. nadano mu Złoty Krzyż Zasługi z Mieczami, a 3 maja 1944r. otrzymał po raz pierwszy Krzyż waleczny.